全自動馬桶有弊端在通用性以及價格上和維修成本上。通用性差。全自動馬桶蓋的蓋板設計為U形或方形，但是大多數的馬桶蓋板設計的形狀都是圓弧形。所以全自動馬桶蓋不能適用在馬桶上，有可能為了使用上全自動馬桶蓋，而需要更換一只馬桶。而且馬桶蓋、水箱和便座之間的距離有安裝限制，這造成了全自動馬桶蓋通用性更弱。 維修成本高。全自動馬桶蓋強大的功能性來自內部高科技的設計，這些部件都精妙，使用起來提供了很多便捷性。但是設備總有出故障需要維修的時候，全自動馬桶的維修成本比普通馬桶蓋的維修成本高得多。如果是更換核心部件,可能要花費購價的一半。價格比普通的坐便器要高很多。這樣使得很多個普通的家庭用不起。有些時候停電了卻不能沖水，造成了不好的現象。另外電子產品的壽命大概在5年左右，5年以后得及時換馬桶蓋板，這樣又是一筆很大的開支。說完以上缺點，但是全自動馬桶的優點還是很香的，所以買的來還是趨之若鶩的。